乙肝靶向长读测序，有望解决PCR检测局限。
作为一种DNA病毒，乙型肝炎病毒与宿主基因组的整合与肝细胞癌(HCC)的发生和发展密切相关。在2020年欧洲肝脏研究年会(EASL 2020)上，来自美国Gilliard Science、中国香港大学、西班牙巴塞罗那Valld‘Hebron大学医院和法国BejjonAP-HP医院的研究人员解释了慢性乙型肝炎患者肝活检中HBV-DNA的结构和表达模式。
乙型肝炎的长读测序有望解决PCR检测的局限性，全面描述乙肝病毒的整合。
目前，乙型肝炎病毒已通过PCR检测或短读测序，整合到人类宿主肝细胞基因组中。然而，这些方法有一定的局限性，但也阻碍了医学研究者对乙肝病毒整合到宿主基因组中的全面观察。在EASL 2020上，研究人员提出了一种以乙型肝炎病毒为靶点的测序策略，以确定慢性乙型肝炎患者肝内病毒整合的完整结构。研究人员定义了HBV-DNA整合的完整序列"。
将这些序列与RNA序列的数据进行比较，以确定有效整合和非生产性整合。具体研究方法如下：选择29例慢性乙型肝炎患者进行GS-US-174-0149的活检，其中5例在基线检查后96周内，平均分布E抗原阳性和阴性标本。将基因组DNA切成7kb片段，用条形码重复使用。利用IDT-xGen平台和生物标记的120 bp探针对乙型肝炎病毒进行了富集。
用PacificBiosciencesSequelII(Pacbio)对富集的乙型肝炎病毒DNA文库进行测序，并与相应的RNA序列进行比较。结果表明，靶向富集提高了HBV序列的检出率。PacBio平台产生数千个碱基长度高质量的解码器，其中许多包含整个病毒整合序列的碱基对和数千个相邻的宿主序列。相反，短时间阅读基因组测序数据只检测到病毒与宿主之间的连接.
研究人员还观察到，由未整合的HBV引起的转录本是由3.2kb的阅读码识别的，不包括宿主序列。宿主/HBV嵌合体读数与来自同一肝脏活检的RNA序列数据进行比较，以使转录本与特定整合事件相匹配。发现了一些与HBV直接重复序列(DR1和DR2)无关的部分整合事件，尽管它们插入或接近宿主基因位点，但显示转录沉默。
大多数转录整合包含驱动S转录表达的HBV启动子序列，并与hbvdr1区域相关。基于上述研究数据，研究人员得出结论：目标长读测序比全基因组测序具有更高的准确性和更广的覆盖范围。该方法能全面、完整地描述乙型肝炎病毒(HBV)水平序列，并与RNA序列数据相匹配，可以显示转录活性事件与非活性事件之间的差异。
